Ils énoncent tout d’abord que la thèse sur les deux langages est dangereuse car si les ecclésiastiques valident la théorie du savant ils seront par exemple obligés d'accorder une certaine autonomie aux questions morales vis à vis des préceptes édictés par la Bible. Cette position pourrait entraîner la décadence de l’institution religieuse et la remise en cause de son autorité. En outre, ils font remarquer à tous que Galilée remet en question un des principaux sacrements de la communion : la transsubstantiation. En effet le savant défend le fait que la structure du pain et la structure de Dieu sont complètement différentes. Cette théorie est parfaitement compréhensible du point de vue d’un scientifique et apparaît même pour ce dernier comme une évidence mais elle n’est absolument pas admissible par un religieux. Enfin ces ecclésiastiques sentant que Galilée est sur le point de céder donnent le coup de grâce. Ils font admettre à la communauté ecclésiastique que les propos tenus par l'inventeur de la lunette sont hérétiques et que ses déclarations nuisent à l'institution religieuse étant donné qu'elles font suspecter la présence d'erreurs dans les textes de la Bible et qu’elles défendent implicitement l’idée que tout scientifique ne doit se référer à l’Ecriture Sainte qu’en dernier recours. Une étude approfondie des œuvres de Galilée est menée par plusieurs religieux et entraîne sa convocation devant le Saint Office en 1632. Étant donné la gravité des reproches qui lui sont faits, Galilée aurait dû être brûlé tout comme Giordanno Bruno. Néanmoins le fils de Vinzencio Galilei est sauvé par le pape qui dans « sa clémence » commue cette peine en assignation à résidence à vie. Pour finir remarquons qu’on ne peut pas considérer comme un réel échec le procès de 1633 parce que L'Église, par ses décrets, va d'une certaine façon favoriser la diffusion de l'ouvrage de Galilée Le Dialogue sur les deux grands systèmes du monde et donc par ricochet promouvoir la théorie copernicienne. Elle va également inciter les savants à s'appuyer sur des théories plus fiables et à refuser de valider des hypothèses invérifiables par des expériences. L'Église, convenons le, aura fait progresser la rigueur scientifique!
Conclusion
Héritier de la théorie de Copernic, Galilée a su, grâce à de multiples observations et à un programme ambitieux, la valider et la promouvoir en partie dans le monde scientifique. Cependant les pairs du savant italien conscient qu’il présentait un réel danger ont durant toute sa vie chercher à le discréditer. Finalement sous la violence des attaques mais aussi en raison de circonstances politiques religieuses et personnelles Galilée est condamné en 1633. Notons la réticence de la communauté scientifique à accorder à Galilée la paternité d'un certain nombre de découvertes (il ne serait pas celui qui aurait découvert la lunette astronomique ni les taches solaires…). On ne peut contester ces restrictions qui s'avèrent vraies mais on ne peut pas non plus minimiser pour autant le mérite de Galilée à qui incombe le courage de s'être battu pour la reconnaissance de ses découvertes. Il lui revient le mérite d'avoir donné une impulsion à l'astronomie. Il s'est rendu compte le premier de la difficulté qu'il y a à concilier la science et l'Eglise. Pour que la première progresse, il ne faut pas que la seconde infléchisse son avancée: "L'Eglise doit dire comment aller au ciel et non comment est le ciel"(Galilée).